Marpa naquit au Tibet. A l'âge de douze ans, sur les ordres de son père, il se convertit au Bouddhisme en suivant un maître. Bien qu'il fût d'une intelligence innée, comprenant rapidement tout ce qu'on lui enseignait, il aimait se montrer et son apparence effrayait les gens. Il n'était ainsi pas le bienvenu dans son village. Son père pensa alors que la meilleure façon était de le faire éduquer par un sage des contrées lointaines. Ainsi, Marpa suivit un professeur qui lui enseigna le sanscrit, puis il devint finalement un traducteur de la langue tibétaine et du sanscrit.

Après la fin de ses études, Marpa retourna dans son village natal. Mais peu après, il décida d'aller au Népal pour acquérir une connaissance encore plus approfondie du Dharma. Après avoir collecté l'argent auprès de sa famille et de ses amis, il commença le voyage. A son arrivée au Népal, il apprit qu'il y avait un maître d'une grande renommée en Inde : Naropa. Il partit ainsi vers l'Inde à sa recherche.

A l'époque, aller en Inde était extrêmement pénible. Marpa avait pu surmonter toutes les difficultés et trouver son maître Naropa. Une fois arrivé en Inde, il rendit également visite à une dizaine de maîtres et apprit les enseignements les plus profonds du Mahayana. Il vécut presque douze années en Inde et au Népal. Il y reçut un grand nombre d'initiations et d'enseignements. Puis, son stock d'or épuisé, il décida de retourner au Tibet.

Sur le chemin du retour en bateau, un de ses compagnons de voyage, jaloux, jeta intentionnellement ses livres de Sutras dans le fleuve. Tout le trésor d'enseignements qu'avait si difficilement obtenu Marpa disparut aussitôt. Extrêmement affligé, Marpa décida de se rendre à nouveau en Inde.

Après deux voyages en Inde, Marpa retourna au Tibet transmettre le Bouddhisme tantrique. Il se consacra entièrement à la traduction, transcrivant l'enseignement bouddhiste du sanscrit vers le tibétain.

Lorsque Marpa fut âgé, une Dakini lui prédit qu'il devait retourner en Inde. Ses disciples furent alors très inquiets et lui suggérèrent d'être remplacé par son fils. Marpa insista cependant pour partir de nouveau. Au cours de son chemin, il rencontra Atisha qui lui apprit que Naropa était décédé. Mais Marpa continua sa route vers l'Inde. Traversant d'innombrables obstacles, il reconnut soudainement sur une roche l'empreinte des pieds de Naropa et reprit confiance. Il fit des prières avec ferveur, puis finit par trouver Naropa.

En voyant son maître, Marpa lui offrit tout l'or qu'il avait en sa possession. Bien que Naropa affirmât qu'il n'avait pas besoin d'or, Marpa insista pour en faire offrande à son maître. Lorsque Naropa jeta dans la forêt la pile entière d'or, Marpa éprouva un peu de regret. Naropa fit subitement apparaître l'or de nouveau dans sa main et dit : « Je n'en ai pas besoin ! Ici, toute chose est de l'or ! » Lorsque Naropa orienta son pouce en direction du sol, la terre entière devint remplie d'or.

Par la suite, Marpa implora la transmission orale des enseignements, particulièrement l'éjection de la conscience. Naropa lui demanda les origines de cette requête. Marpa répondit : « J'ai un disciple prénommé Milarépa, c'est son protecteur céleste qui le lui a recommandé. » Naropa dit : « C'est vraiment incroyable ! Que dans un pays enneigé et sombre comme le Tibet, il puisse exister un grand homme tel le soleil brillant au-dessus d'une montagne enneigée. » En geste de respect, Naropa joignit les paumes de ses mains et inclina la tête trois fois en direction du Tibet. Il est dit que même les arbres se courbèrent trois fois vers le Tibet et qu'ils continuent jusqu'à nos jours d'être inclinés.

Un jour, Naropa utilisa ses puissances magiques pour faire apparaître le mandala de Hevajra dans l'air. Marpa, en voyant ce phénomène, se prosterna devant le Yidam. Il oublia de se prosterner d'abord devant son maître. Naropa prédit alors : « La transmission des enseignements à ta famille ne pourra pas demeurer en ce monde. Mais cela se révèle être plus bénéfique pour tous les êtres car la transmission perdurera jusqu'à la disparition du Bouddhisme en ce monde. » (Par la suite, un fils de Marpa mourut par accident. Bien qu'il eût sept fils, aucun d'entre eux ne put transmettre l'enseignement.) Deux mois plus tard, Marpa reçut tous les enseignements et initiations oralement. Il revint au Tibet et fit transmission orale des enseignements à son fils spirituel Milarépa.

Marpa n'avait pas eu beaucoup de disciples durant sa vie, et très peu de personnes croyaient en sa réalisation spirituelle. Mais à sa mort, il dévoila beaucoup de pouvoirs magiques. Ce fut par la suite qu'il fut reconnu comme un grand personnage ayant atteint la réalisation spirituelle.