Tsongkhapa naquit dans la région actuelle de Qinghai (une province de l'ouest de la Chine). Il était le quatrième fils d'une famille de fervents bouddhistes composée de six enfants.

Lorsque Tsongkhapa avait trois ans, le Karmapa (chef spirituel de la lignée Kagyupa), qui était venu du Tibet, traversa la région de Qinghai. Il lui transmit les Cinq Préceptes moraux de base et fit une prédiction : « Cet enfant ira au Tibet. Il répandra le Dharma comme un deuxième Bouddha et d'innombrables êtres humains seront sauvés. » Durant son enfance, Tsongkhapa suivait les enseignements du Rinpoche Chojey Dondrub-rinchen sur le Bouddhisme des Sutras et des Tantras. Tsongkhapa était d'une intelligence innée. Il lui suffisait de réfléchir un peu sur les textes sacrés qu'il n'avait jamais étudiés auparavant, pour ensuite les comprendre et les retenir parfaitement. Son maître l'appréciait beaucoup. A l'âge de sept ans, Tsongkhapa prit les vœux de novice (jeune moine).

A l'âge de seize ans, Tsongkhapa alla approfondir ses connaissances au Tibet grâce à l'aide financière et à l'encouragement de son maître. Il se rendit dans de multiples temples pour rencontrer un grand nombre de maîtres de différentes écoles, parmi lesquels le renommé maître Rendawa de la lignée Sakyapa.

Dans sa quête de connaissance, Tsongkhapa effectuait des débats après chaque étude d'un Sutra. Il était d'une grande éloquence et devint célèbre dans la communauté monastique pour son érudition.

A trente ans, Tsongkhapa prit les vœux de discipline monastique. Rapidement, il était invité de tous lieux pour répandre le Dharma et pour expliquer les Sutras. Il lui arrivait même de tenir des discours sur une dizaine de Sutras en une seule journée, et ce, en maintenant le rythme durant trois mois. Ce fut un évènement sans précédent dans l'histoire de la diffusion du Bouddhisme au Tibet.

A trente-quatre ans, Tsongkhapa décida d'apprendre l'ensemble des pratiques du Vajrayana. Par la suite, il recevait même les instructions du Bodhisattva Manjusri qui lui recommandait de cesser provisoirement d'enseigner la doctrine et de trouver d'abord un bon endroit pour se consacrer à la pratique. Tsongkhapa suivait quelques grands lamas pour acquérir tous types d'enseignements du Vajrayana. Afin d'accumuler du mérite et de purifier le karma, Tsongkhapa pratiquait intensivement dans un endroit en retrait ; il accomplissait les offrandes du mandala et les prosternations avec une telle diligence que ses mains devinrent meurtries et que les dalles gardèrent même les traces de ses membres. En conséquence de tant d'efforts, Tsongkhapa obtint la bénédiction des Bouddhas et Bodhisattvas, et il atteignit un niveau de mérite extraordinaire.

Doté d'une immense sagesse, maître Tsongkhapa avait une compréhension extrêmement complète de tous les Sutras et Tantras. Il rassembla la totalité des enseignements pour construire son propre système. A partir de l'âge de quarante-trois ans et durant dix années, il rédigea de nombreux ouvrages importants sur sa propre doctrine tels le « Grand Exposé des Etapes de la Voie de l'Eveil » (un traité sur le Paramitayana), le « Grand Exposé des Etapes de la Voie des Tantras » (un traité sur le Vajrayana)… Par ailleurs, il diffusa avec vigueur la discipline. Il préconisa à tous les moines la nécessité de suivre strictement la discipline. Toutes ses activités étaient soutenues et encouragées par le roi tibétain de l'époque.

En 1409, à cinquante-trois ans, Tsongkhapa inaugura pour la première fois, lors du nouvel an, la Grande Prière au temple du Jokhang à Lhassa, avec l'aide financière du gouvernement local. Il fit un discours sur les Sutras devant plus de huit mille moines et il effectua des offrandes. En visant les défauts qui apparaissaient dans le milieu bouddhiste tibétain (comme par exemple le relâchement de la discipline bouddhiste, la vie dissipée des moines…), Tsongkhapa lança une sorte de réforme. Il préconisa la pratique du Hinayana et du Mahayana, puis celle du Vajrayana, en soulignant la discipline. Il développa l'expansion de la culture bouddhiste au Tibet et obtint le respect des gens. Il créa ainsi une nouvelle école bouddhiste tibétaine : l'école Gelugpa (signifiant tradition vertueuse). Dès lors, Tsongkhapa devint le plus haut chef spirituel du Bouddhisme tibétain. La même année, il construisit à Lhassa le premier monastère Gelugpa : le monastère de Ganden. Puis, ses grands disciples firent édifier à leur tour des monastères pour répandre le Dharma (les célèbres monastères de Drepung et de Sera à Lhassa, et le monastère de Tashilhunpo à Shigatse, la seconde ville du Tibet).

En 1419, Tsongkhapa décéda au monastère de Ganden à l'âge de soixante-trois ans. Ses grands disciples Gyeltsabjey puis Kaydrubjey lui succédèrent.